Malayalam literally has the most letters:

അஅ
ആஆ
ഇஇ
ഈஈ
ഉஉ
ഊஊ
ഋ (rarely used)r̥
എஎ
ഏஏ
ഐஐ
ഒஒ
ഓஓ
ഔஒள
അംஅம்
അഃஅஃ
കக
ഖக (aspirated)
ഗga
ഘga (aspirated)
ങங
ചச்
ഛச் (aspirated)
ജஜ
ഝஜ (aspirated)
ഞஞ
ടட
ഠட (aspirated)
ഡḍa
ഢḍa (aspirated)
ണண
തத
ഥத (aspirated)
ദda
ധda (aspirated)
നந / ன
ഩ (not used anymore)ன
പப
ഫஃப
ബba
ഭba (aspirated)
മம
യய
രர
ലல
വவ
ശஶ
ഷஷ
സஸ
ഹஹ
ളள
ഴழ
റற
ൾள்
ൻன்
ർற்
ൽல்
ൺண்
ൿ (not used anymore)க்
ൔ (not used anymore)ம்
ൕ (not used anymore)ய்
ൖ (not used anymore)ழ்
ക്കக்க
ഗ്ഗg + ga
ങ്ങங்ங
ച്ചச்ச
ച്ഛச் +ச் (aspirated)
ജ്ജஜ்ஜ
ഞ്ഞஞ்ஞ
ട്ടட்ட
ഡ്ഡḍ + ḍa
ഡ്ഢḍa + ḍa (aspirated)
ണ്ണண்ண
ത്തத்த
ത്ഥத் + த (aspirated)
ദ്ദd + da
ദ്ധd + da (aspirated)
ന്നந்ந / ன்ன
പ്പப்ப
ബ്ബb + ba
മ്മம்ம
യ്യய்ய
ല്ലல்ல
വ്വவ்வ
ശ്ശஶ்ஶ
സ്സஸ்ஸ
ള്ളள்ள
റ്റT + Ta (t in train)
ങ്കங்க
ഞ്ചஞ்ச்
ഞ്ജஞ்ஜ
ജ്ഞஜ்ஞ
ണ്ടண்ட
ണ്മண்ம
ണ്ഡண் + ḍa
ക്തக்த
ത്ഭத் + ba (aspirated)
ത്മத்ம
ത്സத்ஸ
സ്ഥஸ் + த (aspirated)
ൻ്റன் + T (t in hat)
സ്റ്റஸ் + T (t in hat)
മ്പம்ப
ഗ്നg + ன
ഗ്ദg + da
ഗ്മg + ம
ന്തந்த
ന്ഥந் + த (aspirated)
ന്ദந் + da
ന്ധந் + da (aspirated)
ന്മன்ம
ഹ്മஹ்ம
ഹ്നஹ்ன
ശ്ചஶ்ச்
ക്ഷக்ஷ
ശ്രീஸ்ரீ
ഓംௐ
കக
കാகா
കിகி
കീகீ
കുகு
കൂகூ
കെகெ
കേகே
കൈகை
കൊகொ
കോகோ
കൗகௌ
കംகம்
കഃகஃ
കംകகங்க
ക്ലக்ல / க்ள
ക്ര / കൃக்ர
ക്യக்ய
ക്വக்வ
ക്kŭ / க்